Dieses Museum, das sich zum Teil im Palast der Grafen von Alvor (17. Jh.) am Fuße des Hügels Lapa befindet, enthält Malereien, Skulpturen und Kunstgewerbegegenstände aus der Zeit vom 12. Jh. bis Anfang des 19. Jh., die mit der Geschichte Portugals eng verbunden sind. Die meisten Werke stammen von portugiesischen Künstlern, von europäischen Künstlern, die in Portugal gelebt haben oder eine Beziehung zu diesem Land haben. Einige Beispiele sind Die Versuchung des Hl. Antonius von Jérôme Bosch, die Porträts der zwölf Apostel, die japanischen Paravents und das Polytychon Anbetung des Hl. Vinzenz von Nuno Gonçalves.